Без паники. After Effects - крут, но, чего уж там, не бесплатен (типа). Если есть трудности с VD в After Effects лезть не стоит - там еще навороченнее все.
Нужно спокойно поэкспериментировать. Кодеки в VD не собственные, а те, что в системе стоят. Если там чего-то нет, то соотвественно, нужно установить. Если не грузит последовательность файлов, проверить имена, они должны идти так, чтобы в конце был возрастающий числовой ряд без пропусков (...234, ...235, ...236 и тп.) В том же фастоне есть где-то массовое переименование файлов под нужный шаблон.
Или правда, начать с Windows Movie Maker (или Киностудия Live в 7ке), там можно выходной формат выбрать и PAL DV...